Su carrera en el fútbol comienza en el equipo de su barrio natal San Cristóbal de Los Ángeles hasta que por el impulso de su padre, fue fichado por el Atlético de Madrid a la edad de 13 años. En el equipo logró 65 goles en la posición de interior izquierdo, hasta que el presidente del club decidió eliminar las divisiones inferiores; es de esta manera que termina con un contrato de seis años en el rival del Atlético, el Real Madrid.
Una vez en la plantilla del club blanco, Raúl escaló divisiones rápidamente hasta llegar al tercer equipo del Real Madrid, donde consiguió 13 tantos en solo siete partidos. Consecutivamente el 29 de octubre de 1994 obtuvo la oportunidad, de mano de Jorge Valdano, de debutar en Primera División frente al Zaragosa a la corta edad de 17 años, lo que lo convierte en el jugador más joven en vestir la camiseta del club.
En 1996 debuta con la selección española sub-18 ante la República Checa, con quien luego obtuvo el cuarto lugar en el Mundial juvenil jugado en Qatar. Posteriormente en el 2000, renueva su contrato con el Real Madrid por cinco años más; ya para esa fecha el español era titular indiscutible del club con 167 goles en 360 partidos, 47 de ellos en la Liga de Campeones de la UEFA.
En el 2009 Raúl se convierte en el mayor goleador en la historia del Real Madrid al superar a Alfredo Di Stefano; sin embargo, al año siguiente juega su último partido con la camiseta merengue pues en julio del 2010 fue fichado por el equipo alemán Schalke.
Tras dos temporadas en la Bundesliga, el español se despide del Schalke en el 2012, año en el que es fichado por el Al-Sadd, con quien se proclamó campeón de la Liga de Qatar en su primera temporada.
En el 2014 fue presentado como jugador del club Cosmos de Nueva York con el cual debutó el 5 de abril del 2015.